Perto de seu fim, Gregório de Matos expressou culpa e arrependimento no que concernia a sua relação com a Igreja. Através de suas obras "Buscando a Cristo" e "A Cristo N. S. Crucificado", onde procura demostrar "a insignificância do homem perante Deus", onde se percebe, de sua parte, a consciência nítida do pecado e a busca do perdão.
